(0) Сколько документов в базе по организации?
(4) Принцип - пометка на удаление. Можно отключать итоги и делать удаление в несколько потоков, какой-то улучшайзинг возможен. Если документов достаточно много(от полумиллиона и больше), то где-то была обработка, генерирующая SQL-скрипт, но это только в крайнем случае.