Посмотрел про обмен с мобильным приложением. У меня возник вопрос: Можно обмениваться данные с планами обмена и без них. Если мне нужно выгружать 1 документ с мобильного устройства, а загружать в мобильное устройство справочники - удобней будет использовать планы обмены для справочника, а для этого документа обмен без использования планов обмена?

все верно, т.е. документы можно просто подтягивать и создавать через web сервисы.