Зависает база УТ11 через определенный промежуток времени (часа 3-4) у всех пользователей работающих по сети, на сервере база открывается нормально. Перезагружаем Apache и пользователи снова могут заходить в базу.
Стоит Apache 2.2.25

В чем может быть причина?

База файловая? Переходите на клиент-сервер.

Очевидно, в модуле веб-сервера, выполняющего роль сервера 1с, какая-то утечка ресурсов. Попробуй обновить платформу 1с на сервере, если не получится - значит судьба такая.. УТ11 штука прожорливая..

Да и отключи все регламентные задания