Есть код при начале формирования таблицы

        ГоловнаяТаблица = СформироватьГоловнуюТаблицу(ТекПроект);
    Строка = ГоловнаяТаблица.Строки.Получить(0);
    ВывестиСтрокуИПодчиненные(Строка);

Вызывает рекурсивную процедуру

Процедура ВывестиСтрокуИПодчиненные(Строка)    
    
    Для каждого Подч из Строка.Строки Цикл
       ТекЗадача = Подч.Задача;
       СписокПодзадач = ВыбратьПодзадачи(ТекЗадача);
       Если СписокПодзадач.Строки.Количество()>0 тогда
               ВывестиСтрокуИПодчиненные(СписокПодзадач.Строки.Получить(0));    
       КонецЕсли;
       Сообщить(Подч.Задача);
   КонецЦикла
  
КонецПроцедуры

Как теперь все это в дерево значений запихать, туплю не могу сообразить

Ответ см. в v8: Нужна помощь с рекурсией

Добавить строку в коллекцию строк вместо Сообщить (только до вызова ВывестиСтрокуИПодчиненные).

(1) Шутку оценил

(2) А как объявить коллекцию строк внутри рекурсивной процедуры??

Строка.Строки.Добавить();

проще таблицу подать в запрос с итогами, а дерево получить выгрузкой результата запроса. только колонки ТЗ типизировать обязательно

(5) И куда?

новаяСтрока = Строка.Строки.Добавить();
новаяСтрока.<заполнить значения реквизитов>;

(8) У меня строка передается в рекурсивную процедуру, это не помешает никак?

(9) Так в ее коллекцию строк и нужно добавлять нужную строку.