Попробовал так:
ВЫБРАТЬ
   ПеремещениеТоваровТовары.Ссылка,
   ПеремещениеТоваровТовары.ЕдиницаИзмеренияМест
ИЗ
   Документ.ПеремещениеТоваров.Товары КАК ПеремещениеТоваровТовары
ГДЕ
   ПеремещениеТоваровТовары.ЕдиницаИзмеренияМест есть null

Чо-та не работает.

ГДЕ
   ПеремещениеТоваровТовары.ЕдиницаИзмеренияМест.ЕдиницаПоКлассификатору есть null

Здесь попытка найти перемещение товаров, в которых ЕдиницаИзмеренияМест - объект не найден? Тогда 1

(1), (2) Спасибо.
Вот заработало:

ВЫБРАТЬ
   ПеремещениеТоваровТовары.Ссылка,
   ПеремещениеТоваровТовары.ЕдиницаИзмеренияМест
ИЗ
   Документ.ПеремещениеТоваров.Товары КАК ПеремещениеТоваровТовары
ГДЕ
   ПеремещениеТоваровТовары.ЕдиницаИзмеренияМест.ЕдиницаПоКлассификатору ЕСТЬ NULL
   И (НЕ ПеремещениеТоваровТовары.ЕдиницаИзмеренияМест = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.ЕдиницыИзмерения.ПустаяСсылка))

ПеремещениеТоваровТовары.ЕдиницаИзмеренияМест.Ссылка ЕСТЬ NULL

и не надо второго условия

второе условие нужно для составных типов, там поле на Неопределено надо проверять

(4) я писал через единицу по классификатору в надежде что ТС поймет что битая ссылка не null :))))

(4) Не. Так не работает.
Вываливает кучу пустых ссылок. Не битых.

(8) можно проверять на любой реквизит ссылки

(9) +1
пустым оно не будет, но и объекта нет

(8) работает

(9) Угу. Я понял.

(11) Я проверил. Не работает.

так работает или не работает?)

(13) Делайте ставки. :-)

(14) вот так всегда. Все надо проверять самому)