несколько вопросов накопилось:

с ФО, которые хранят значение в булевной константе вроде бы все понятно. Показываются/скрываются элементы из состава ФО.

а вот как быть, например, с ФО ПрефиксыОрганизаций, хранение: Справочник.Организации.Реквизит.Префикс ? как она работает?

И как связаны Параметры функциональных опций с самими ФО? параметры действуют на все ФО, или как-то можно выборочно настраивать?

хм. получается, что если есть ФО валютныйУчет с хранением в реквизите организации ВалютныйУчет, то опция автоматически будет действовать в разрезе указанного параметра ФО - организации.
и для каждой организации будет по-своему определяться признак валютного учета, в зависимости от значения её реквизита