Обмен типовой, уже несколько типовых выгрузок приходилось править, когда типовая загрузка грузит в бухгалтерию документы с единственной галкой управленческого учета. Неужто только у меня подобный вопрос возникает или он как-то по другому решается?

В узле обмена посмотрите галку "Передавать только документы, отраженные в бух. учете".