Если менять, то до значений СпрТипыЦен не меняя код - не добраться, ибо:

   |    ЕСТЬNULL(ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.ПроцентСкидкиНаценки, СпрТипыЦен.ПроцентСкидкиНаценки) КАК ПроцентСкидкиНаценки,
   |    ЕСТЬNULL(ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.СпособРасчетаЦены, СпрТипыЦен.СпособРасчетаЦены) КАК СпособРасчетаЦены

Может лучше и правильней завести новую, чем менять старую?

не, ну можно конечно заменить
|    ЕСТЬNULL(ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.ПроцентСкидкиНаценки, СпрТипыЦен.ПроцентСкидкиНаценки) КАК ПроцентСкидкиНаценки,
на
|ВЫБОР
|    КОГДА ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.ПроцентСкидкиНаценки = 0
|    ТОГДА СпрТипыЦен.ПроцентСкидкиНаценки
|    ИНАЧЕ ЕСТЬNULL(ЦеныНоменклатурыСрезПоследних.ПроцентСкидкиНаценки, СпрТипыЦен.ПроцентСкидкиНаценки)
|КОНЕЦ КАК ПроцентСкидкиНаценки,

но надо-ли? ну давайте уже, хоть поклюйте меня что-ли... :)

не совсем понятна задача. А не проще поиск и замену значений сделать?

(2) Еу, чуть упрощенно, были ТипыЦен: Закупочная, Розничная - обе Базовые. Потом клиент решил, что Розничнаю ему будет удобно расчитывать от Закупочной. Ну, я ему показал как это делается и столкнулся с сабжем, собственно все... если это новая цена, то ЕСТЬНУЛ отработает как надо,а если "измененная" - но нет, ибо 0 это не "НУЛ" :)