Можно ли с помощью RLS не отображать группы в справочнике контрагенты. Но при этом хочу чтобы вложенные элементы в неотображаемые группы были видны без нажатия на кнопку отключения иерархического просмотра?

придется переделывать...

(1) Что именно переделывать? Прописать в форме контрагентов строчку мол отключить иерархию чтоб при открытии были все контрагенты линейным списком?

(2) можно решить более изящно - права на группы, права на элементы

(3) Я не очень понимаю что Вы имеете ввиду. Если не сложно поясните на простейшем примере.