Как уже тут писали, основной критерий в наших условиях - доступность (количество, цена, стабильность) спецов, способных администрировать СУБД в связке с 1С. По моему опыту, спецов по PostgreSQL, которые могут не просто установить и настроить движок, а и решать возникающие проблемы, особенно на линуксе, особенно если проблемы возникают в связке с 1С (т.е. без позиции типа "это всё проблемы _вашей_ 1С") - очень мало.
MS SQL
Есть два вида языков, одни постоянно ругают, а вторыми никто не пользуется.