Есть обработка, сам когда-то писал в далеком 2004 году
Теперь уже мозги думают по восьмерошному.
Вот процедура
           ВремРегистры                    = СоздатьОбъект("Регистры");
           ВремОстаткиТМЦ                  = ВремРегистры.ОстаткиТМЦ;            
           ВремОстаткиТМЦ.ВременныйРасчет() ;
           ВремРегистры.РассчитатьРегистрыПо (ДатаСтарта) ;
           //ВремРегистры.РассчитатьРегистрыНа (ДатаСтарта) ;
           ВсяНоменклатура.ВыбратьЭлементы () ;
           Пока ВсяНоменклатура.ПолучитьЭлемент () = 1 Цикл
               ТекущийОстаток =  ВремОстаткиТМЦ.СводныйОстаток(ФирмаПродавец, ВсяНоменклатура.ТекущийЭлемент (), СкладПродавца,,"Количество");
               Если ТекущийОстаток < 0 Тогда
                   ТаблицаДокументов.НоваяСтрока ();
                   ТаблицаДокументов.ДатаДокумента = ДатаСтарта;
                   ТаблицаДокументов.ТМЦ           = ВсяНоменклатура.ТекущийЭлемент ();
                   ТаблицаДокументов.Количество    = ТекущийОстаток * (-1);                                                            
               КонецЕсли ;
           КонецЦикла;

Она ищет отрицательные остатки по регистру Остатков
А теперь надо найти отрицательные, но уже в разбивке по партиям
Само собой надо регистр другой цеплять, но вот я не понимаю
как получить сразу и количество и партию (

А чем "Ведомость по партиям" не устраивает?

(1) Сам то понял что сказал? В ней не будет отрицательных остатков

(1) да всем устраивает
но это кусок не от отчета
а от обработки
эти минуса мы складываем в документ потом

ВремОстаткиТМЦ                  = ВремРегистры.ОстаткиТМЦ;            

замени на

           ВремПартииНаличие                  = ВремРегистры.ПартииНаличие;

(4) Да это понятно
но там же партии
надо перебор партий у товара, а потом по ним остатки.
В принципе уже сделал, посмотрим как проявит она себя в тесте.