Можно как то программно ( при открытии , в зависимости от доступных ролей пользователя) редактировать список меню ? или еще как то настроить этот список?

(0) сделать свой список

(0) Зачем?

(2) нужно что б определенные пользователи видели в этом списке только те документы которые они могут вводить на основании
(1)а как быть с меню Действие->На основании ?

(3) Настроить права доступа или RLS не предлагать?

(3) В 10.3 -  ни как,
переводи на УТ 11

(3) Если он увидит, что на основании Реализации можно ввести ПКО, но ввести не сможет - будет конец света?

(6) Как минимум, дара речи лишится. Ведь он так ждал, надеялся и верил.

(6) если это ген.директор, от которого скрыли секретный документ, то будет крантец

(6) конца света не будет , но зачем ему это видеть?
(5) не вариант , конфа уже достаточно дописана и переносить все изменения не хотелось бы

(4) Это решит мою задачу?

(10) По-моему. Если убрать право на добавление и интерактивное добавление.

(11) то пропадет из списка? нет

(10) Я уже давно не настраивал права, экспериментировать влом. Проверь сам.

(13) я уже проверил и говорю что не помогает

(14) Тогда забей, в обычном приложении задача штатными средствами не решаема.

(14) тебе большими буквами написать ни как ?
НИ КАК

(15),(16) плёхо :(

(17)
убери в конфигураторе
сделай свою меню
допиши код

(18) см.(3)+ через вторую кнопку мыши, можно это будет обойти?

(19) см. (18)